1、FID虽然是通用型检测器，可是有些物质在此检测器上的呼应值很小或无呼应。这些物质包含气体、卤代硅烷、甲醛、H2O、NH3、CO、CO2、CS2、CCl4等等。所以，检测这些物质时不该运用FID。
2、FID是用氢气和空气焚烧所发生的火焰使被测物质离子化的，故应注意安全问题。在未接色谱柱时，不要翻开氢气阀门，避免氢气进入柱箱。不管什么原因导致火焰平息时，应赶快封闭氢气阀门，直到排除了故障，从头焚烧时，再翻开氢气阀门。高级仪器有自动检测和维护功用，火焰平息时可自动封闭氢气。
3、FID的灵敏度与氢气、空气和氮气的份额有直接的联系，因而要注意优化。一般三者的份额挨近或等于1：10：1 ，如氢气30~40ml/min ，空气300~400ml/min ，氮气30~40ml/min 。别的，有些仪器规划有不同的喷嘴别离用于填充柱和毛细柱，运用时要检查说明书。
4、为避免检测器被污染，检测器温度设置不该底于色谱柱实际工作的温度。一旦检测器被污染，轻则灵敏度下降或噪声增大，重则点不着火。消除污染的办法是清洗，主要是清洗喷嘴外表和气路管道。具体办法是拆下喷嘴，顺次用不同的溶剂（丙酮、氯仿和乙醇）浸泡，并在超声波水浴中超声10min以上。有时运用时间长了，喷嘴外表会积碳。可用细纱纸悄悄打磨外表除掉。清洗之后将喷嘴烘干，再装在检测器是进行测定。
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